본 발명은 사용자 단말의 내부 보안영역에 보안데이터를 저장하고, 별도의 서버에는 비보안데이터를 저장하고, 서명 및 인증에 관한 부분은 사용자 단말의 HSM(Hardware Security Module) 프로세스가 수행될 수 있도록 하는 앱 방식을 이용한 교통카드 발급 및 운용 시스템에 있어서, 상기 교통카드 발급 시스템은 휴대용 단말과, 상기 휴대용 단말과 소정의 통신 방법에 의해 연결되어 있으며 카드사서버로부터 발급된 데이터를 수신받을 수 있도록 하는 발급서버와, 상기 발급서버에 연결되어 상기 발급서버로부터 수신된 교통카드에 관한 데이터를 생성하여 송신할 수 있도록 하는 카드사서버를 포함하여 구성되는 것으로서, 교통카드 발급시 사용자의 정보를 이용하여 발급함으로서 카드를 일어버려도 본인이 사용하던 카드를 그대로 사용하 수 있는 장점과, 교통카드를 동기화시킬 수 있는 암호화된 데이터를 스마트폰에 거치하는 SIM이 아닌 기본 보안저장영역에 저장함으로서 스마트폰의 SIM을 바꾸어도 종래의 교통카드의 복구가 가능한 효과를 도할 수 있는 앱 방식을 이용한 교통카드 발급 및 운용 시스템에 관한 것이다.