본 발명은 초전도 한류기가 적용된 전력 계통의 보호 시스템 및 이의 동작 방법에 관한 것이다. 이를 위한 본 발명의 초전도 한류기가 적용된 전력 계통 보호 시스템은 일측이 제 1 모선에 연결되고, 타측이 제 2 모선에 연결되며, 제 1 모선으로부터 입력되는 고장 전류를 저감시키는 초전도 한류기를 포함하고, 초전도 한류기는 일측이 제 1 모선측 차단기에 연결되고, 서로 병렬로 연결된 한류용 리액터 및 초전도 선재; 및 초전도 선재에 연결되고, 초전도 선재