본 발명은 바닥과 실내 공기를 난방하기 위한 하이브리드 난방 시스템에 관한 것이다. 하이브리드 난방 시스템은, 기준면 상부의 바닥층에 포설된 제1 배관 내에 제1 난방수가 순환하여 상기 바닥층을 난방시키는 표피 난방부; 실내에 노출되어 제2 난방수가 순환하는 제2 배관 및 상기 제2 배관과 열 교환된 실내 공기를 송풍하는 팬으로 이루어져 공기를 난방시키는 팬코일 난방부; 상기 바닥층 상부에 설치된 면상발열체로 이루어지고, 상기 면상발열체에 전기를 공급하여 난방시키는 전기 난방부; 외부의 난방수 공급부로부터 상기 제1, 제2 난방수를 공급받아 상기 표피 난방부와 상기 팬코일 난방부를 동작시키고, 외부의 전원부로부터 전원을 공급받아 상기 전기 난방부를 동작시키는 제어부; 를 포함한다. 이에 의해, 표피, 팬코일, 전기 난방부를 상황에 따라 개별적으로 작동시킬 수 있어 에너지의 낭비를 저감시키면서 가장 효율적으로 난방할 수 있다.