IoT 기반 음식물 쓰레기 처리 시스템, 관리서버 및 그 동작방법이 개시된다. 상기 IoT 기반 음식물 쓰레기 처리 시스템은, 세대 내에 설치되고, 투입되는 음식물 쓰레기를 분쇄하여 배관으로 배출하는 음식물 쓰레기 처리부, 상기 음식물 쓰레기 처리부에 연결되고, 사용자 입력 또는 외부 신호에 따라 상기 음식물 쓰레기 처리부로의 전원 공급 여부를 결정하며, 상기 전원 공급 여부에 대응되는 전원 공급 상태 신호를 외부로 전송하는 IoT 스마트 전원부, 상기 배관에 연결되고, 상기 배관을 통해 공급되는 하수 또는 음식물 쓰레기의 배출 경로를 선택하는 배관 선택부, 상기 배관 선택부를 통해 배출된 음식물 쓰레기를 물과 분리하고, 분리된 물을 하수관으로 배출하는 음식물 쓰레기 분리부, 상기 음식물 쓰레기 분리부로부터 배출된 음식물 쓰레기를 저장하는 음식물 쓰레기 저장부, 및 상기 IoT 스마트 전원부로부터 전송받은 전원 공급 상태 신호에 따라 상기 배관 선택부 및 음식물 쓰레기 분리부의 동작 상태를 제어하는 관리서버를 포함하는 것을 특징으로 한다.